Theo phương án được VEC đưa ra: tại nút giao số 1, xe chạy trên cao tốc TP HCM - Trung Lương (hai chiều) khi đến vị trí này sẽ rẽ xuống tại các nhánh ra để nhập vào cao tốc Bến Lức - Long Thành thông qua đoạn đường kết nối dài 300 m. Sau đó, xe chạy qua trạm thu phí để vào cao tốc Bến Lức - Long Thành rồi ra quốc lộ 1.
Đối với xe trên cao tốc Bến Lức - Long Thành (hướng quốc lộ 1 đi cao tốc TP HCM - Trung Lương), tài xế chạy theo đoạn đường nối dài 300 m, rồi nhập vào các nhánh thuộc nút giao, sau đó lên cao tốc Trung Lương để đi các tỉnh miền Tây hoặc rẽ về TP HCM.
Tại nút giao số 2 với quốc lộ 1 (Bình Chánh, TP HCM), xe trên cao tốc Bến Lức - Long Thành (hướng từ cao tốc Trung Lương về quốc lộ 1) khi tới vị trí này sẽ rẽ phải tại nhánh ra rồi theo vòng xuyến, nhập vào quốc lộ 1 đi Long An hoặc về TP HCM.
Với hướng Long Thành đi Bến Lức, khi đến nút giao số 2 tài xế có thể rẽ phải vào nhánh ra để xuống quốc lộ 1, sau đó theo vòng xoay đi các hướng. Nếu không rẽ ở vị trí này, xe có thể đi thẳng cao tốc Bến Lức - Long Thành, đến nút giao số 1 với tuyến Trung Lương, rồi tiếp tục về miền Tây hoặc TP HCM. Tuy nhiên, đoạn giữa nút giao số 1 và số 2 hiện chưa cho ôtô trên 10 tấn chạy, do vậy loại xe này phải rẽ tại vị trí giao với quốc lộ 1.
Tại nút giao số 4 giữa cao tốc Bến Lức - Long Thành với đường Nguyễn Văn Tạo (Nhà Bè, TP HCM), đây là điểm kết thúc đoạn khai thác tạm, nên xe tới đây phải rẽ xuống mà không được đi tiếp. Trong đó, xe trên cao tốc khi tới vị trí này cần rẽ theo các nhánh ra, tiếp tục qua trạm thu phí để vào đường dẫn, rồi nhập vào tuyến Nguyễn Văn Tạo. Phương án tương tự cũng áp dụng theo chiều ngược lại từ đường Nguyễn Văn Tạo đi lên cao tốc.
Tại khu vực cuối tuyến cao tốc qua địa bàn Đồng Nai cũng có hai vị trí giao cắt với các đường xung quanh, gồm: nút giao số 7 (giữa cao tốc với đường vào cảng Phước An, huyện Nhơn Trạch) và nút giao số 8 (cao tốc với quốc lộ 51, huyện Long Thành).
Theo phương án tổ chức giao thông ở nút giao số 7, xe từ cảng Phước An tới đây rẽ phải vào nhánh lên cao tốc đi quốc lộ 51. Xe hướng từ Nhơn Trạch đến nút giao ôm cua theo vòng xoay, rẽ trái nhập vào nhánh lên cao tốc Bến Lức - Long Thành đi quốc lộ 51.
Đối với xe trên cao tốc Bến Lức - Long Thành (hướng quốc lộ 51 về Phước An) sẽ rẽ phải ra khỏi cao tốc tại nhánh ra, sau đó rẽ trái nhập vào vòng xoay đi cảng Phước An hoặc rẽ phải về Nhơn Trạch thông qua đường Trường Chinh.
Tại nút giao số 8, xe trên quốc lộ 51 (hướng từ Biên Hòa đi Vũng Tàu) khi đến đây có thể rẽ phải vào đường dẫn lên cao tốc Bến Lức - Long Thành rồi về cảng Phước An, huyện Nhơn Trạch hoặc đi về TP HCM. Đối với xe trên quốc lộ 51 (hướng từ Vũng Tàu đi Biên Hòa), đến nút giao số 8 có thể theo vòng xoay, rẽ trái lên đường dẫn rồi nhập vào cao tốc Bến Lức - Long Thành đi cảng Phước An, huyện Nhơn Trạch hoặc về TP HCM.
Với xe trên cao tốc Bến - Lức Long Thành (chiều từ Phước An đi quốc lộ 51), tài xế có thể rẽ phải ra khỏi cao tốc trên đường dẫn, sau đó tiếp tục rẽ phải nhập vào quốc lộ 51 để đi Vũng Tàu hoặc rẽ trái, ôm theo vòng xoay để đi Biên Hòa theo tuyến quốc lộ 51.
Theo VEC, đây là phương án tổ chức giao thông tạm, nhằm kết nối cao tốc Bến Lức - Long Thành với các đường xung quanh nhằm hạn chế ùn tắc, nhất là dịp lễ 30/4.
Giang Anh