Khác với các công trình một trệt, một lầu mà người Pháp thường xây, Viện Pasteur có thêm một tầng hầm nhưng không nằm dưới lòng đất hoàn toàn mà nửa dưới đất nửa ở trên, gọi là "bán hầm".
Tầng bán hầm được xây bằng đá chẻ kiên cố. Nhờ phần nổi trên mặt đất nên tầng này vẫn có cửa sổ song sắt nhằm lấy ánh sáng, giúp thông thoáng không khí. Tầng hầm hiện vẫn được dùng làm nơi làm việc cho nhân viên, đặt một số trang thiết bị, máy móc nghiên cứu của viện.
Mỗi tòa nhà đều có hai lối lên đối xứng với 10 bậc thang dẫn vào hành lang và các phòng chức năng. Hai bên lối lên có lan can liền tường thấp, tạo sự chắc chắn và hài hòa với tổng thể kiến trúc.
Trong khuôn viên viện Pasteur vẫn còn những ngôi mộ cổ, một số đã được khai quật. Theo các chuyên gia, chữ trên bia, câu đối, kiến trúc cùng chất liệu xây dựng cho thấy đây là mộ táng đặc thù theo tục lệ triều đình, chỉ dành cho tầng lớp vua quan phong kiến.
Năm 2006, nhóm chuyên gia của Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn TP HCM đã khai quật ngôi mộ có tuổi đời khoảng 200 năm. Bia mộ còn nguyên nét chữ, ghi nhận người yên nghỉ tại đây là một phu nhân họ Võ, vợ cả của quan Tham tri bộ Hộ họ Lê. Bà từng được phong tặng danh hiệu Thục nhân, là người có công đức, có đức hạnh.
Toàn cảnh Viện Pasteur TP HCM từ trên cao.
Năm 2015, công trình đã được UBND TP HCM công nhận là di tích kiến trúc nghệ thuật cần được bảo tồn. Theo quyết định, ba dãy nhà hình chữ U và khuôn viên trước sân, nơi đặt tượng bán thân của Louis Pasteur và Albert Calmette, tổng diện tích 8.590 m2 được khoanh vùng bảo tồn di tích.
Những công trình sau này như nhà xe nhân viên, nhà hội giảng, khoa kiểm soát bệnh truyền nhiễm, khoa sản xuất, phòng khám, xét nghiệm, khoa côn trùng, tư vấn HIV... được xây với kiến trúc và màu sơn có phần giống với Viện Pasteur có trước, tạo sự hài hòa.
Quỳnh Trần - Lê Phương