1. Chi cục Hải quan khu vực 1 – Hà Nội, Phú Thọ (trụ sở: Hà Nội)
2. Chi cục Hải quan khu vực 2 – TP HCM (trụ sở: TP HCM)
3. Chi cục Hải quan khu vực 3 – Hải Phòng
4. Chi cục Hải quan khu vực 4 – Hưng Yên, Ninh Bình
5. Chi cục Hải quan khu vực 5 – Bắc Ninh, Thái Nguyên
6. Chi cục Hải quan khu vực 6 – Lạng Sơn
7. Chi cục Hải quan khu vực 7 – Lào Cai, Điện Biên, Lai Châu
8. Chi cục Hải quan khu vực 8 – Quảng Ninh
9. Chi cục Hải quan khu vực 9 – Huế, Quảng Trị
10. Chi cục Hải quan khu vực 10 – Thanh Hóa, Sơn La
11. Chi cục Hải quan khu vực 11 – Nghệ An, Hà Tĩnh
12. Chi cục Hải quan khu vực 12 – Đà Nẵng, Quảng Ngãi
13. Chi cục Hải quan khu vực 13 – Lâm Đồng, Khánh Hòa
14. Chi cục Hải quan khu vực 14 – Gia Lai, Đắk Lắk
15. Chi cục Hải quan khu vực 15 – phụ trách sân bay Tân Sơn Nhất (TP HCM), sân bay Long Thành (Đồng Nai); trụ sở: TP HCM
16. Chi cục Hải quan khu vực 16 – Cao Bằng, Tuyên Quang
17. Chi cục Hải quan khu vực 17 – Tây Ninh
18. Chi cục Hải quan khu vực 18 – Đồng Nai
19. Chi cục Hải quan khu vực 19 – Cần Thơ, Vĩnh Long, Cà Mau
20. Chi cục Hải quan khu vực 20 – Đồng Tháp, An Giang