Theo Nghị định 117, sàn thương mại điện tử, nền tảng số phải khấu trừ, nộp thuế thay khoản thuế giá trị gia tăng (VAT) và thu nhập cá nhân cho người bán (hộ, cá nhân kinh doanh) trên sàn từ 1/7. Người bán sẽ gồm cá nhân cư trú ở trong nước và nước ngoài.
Các khoản thuế trên sẽ được khấu trừ ngay khi đơn hàng được xác nhận thành công và người mua chấp nhận thanh toán. Số thuế được xác định theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu của mỗi giao dịch được hoàn tất.
Chẳng hạn, thuế VAT với nhóm hàng có tỷ lệ 1%, dịch vụ 5%, vận tải, dịch vụ gắn với hàng hóa là 3%. Còn thuế thu nhập cá nhân với cá nhân cư trú trong nước, tỷ lệ thuế thu là 0,5% với hàng hóa, 2% với dịch vụ, 1,5% với vận tải, dịch vụ gắn với hàng. Cá nhân ở nước ngoài chịu mức thuế thu nhập cá nhân khi bán hàng trên sàn online là 1%, dịch vụ 5%, vận tải và dịch vụ gắn với hàng hóa là 2%.

Ảnh chụp màn hình các ứng dụng của sàn thương mại điện tử. Ảnh: Viễn Thông
Cụ thể về cách tính, đại diện Cục Thuế dẫn Thông tư 40/2021 cho biết mức thuế sẽ được tính theo tỷ lệ phần trăm trên toàn bộ doanh thu phát sinh trong kỳ. Tức là, doanh thu để tính thuế giá trị gia tăng và thu nhập cá nhân gồm toàn bộ tiền bán hàng từ hàng hóa, dịch vụ và các khoản doanh thu khác. Các khoản như phí giao dịch, vận chuyển, giảm giá, trợ giá... đều là chi phí kinh doanh, không được khấu trừ khỏi doanh thu tính thuế.
Ví dụ, một người bán hàng qua sàn Shopee. Cuối tháng, sàn báo cáo doanh thu của người bán cho thấy tổng tiền sản phẩm là 259 triệu đồng, sau khi trừ các khoản giảm, trợ giá, phí vận chuyển, giao dịch, tổng tiền thực tế nhận là 196 triệu đồng. Như vậy, người bán này sẽ phải nộp thuế 1,5% trên tổng doanh thu là 259 triệu đồng, không phải trên tiền thực nhận 196 triệu đồng.
Trường hợp người bán đã được sàn khấu trừ và nộp thuế thay nhưng họ có mức doanh thu năm từ 100 triệu đồng trở xuống (từ ngày 1/1/2026 là 200 triệu đồng) sẽ thực hiện thủ tục hoàn thuế với số nộp thừa.
Với doanh thu bán hàng online không qua các sàn, người bán cần kê khai và nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử dành cho hộ, cá nhân kinh doanh hoạt động thương mại điện tử.
Ngoài VAT và thuế thu nhập cá nhân, hộ, cá nhân kinh doanh trên các sàn bán hàng online phải kê khai, nộp thuế môn bài hàng năm, tiêu thụ đặc biệt, bảo vệ môi trường, tài nguyên và các khoản thu khác. Họ cũng có trách nhiệm cung cấp đầy đủ, chính xác thông tin mã số thuế hoặc số định danh cá nhân, hộ chiếu cho các sàn.
Việc xuất hóa đơn với hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện theo quy định tại Nghị định 70 và Thông tư 32. Cụ thể, theo hướng dẫn của cơ quan thuế, trường hợp cá nhân kinh doanh trên sàn và có hoạt động kinh doanh bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trực tiếp đến người tiêu dùng sẽ thuộc diện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo Nghị định 70. Còn nếu không trực tiếp bán đến người tiêu dùng sẽ thuộc diện sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
Trường hợp cá nhân, hộ kinh doanh ủy nhiệm cho sàn xuất hóa đơn thì sàn có trách nhiệm xuất hóa đơn thay.
Cá nhân, hộ kinh doanh bán hàng thực hiện xuất hóa đơn cho khách hàng nhưng không phải khai, nộp thuế với phần doanh thu, số thuế sàn đã khấu trừ, nộp thay này. Trường hợp cá nhân, hộ kinh doanh trên sàn ủy nhiệm, sàn thương mại điện tử có trách nhiệm xuất hóa đơn thay.
Theo bà Nguyễn Quỳnh Dương, Tổng giám đốc phần mềm quản lý bán hàng đa kênh Nhanh.vn, thời điểm lập hóa đơn là lúc chuyển giao quyền sở hữu hoặc sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Như vậy, với đơn hàng online, thời điểm xuất hóa đơn phù hợp nhất là khi shiper giao hàng cho người mua - có thể căn cứ vào trạng thái đơn hàng được các hãng vận chuyển hoặc sàn cập nhật.
Thông thường, người bán hàng trên sàn bán lẻ online sẽ hay gặp trường hợp khách hàng hoàn hoặc hủy hàng. Việc xuất hóa đơn trong trường hợp này sẽ có hai khả năng xảy ra.
Trường hợp thứ nhất, khi shipper giao tới, khách xem hàng, nhưng từ chối nhận và hoàn lại luôn cho shipper. Khi đó, trạng thái đơn hàng hiển thị trên hệ thống của các hãng vận chuyển hoặc sàn thương mại điện tử là "Hoàn". Như vậy, bên bán không cần phải xuất hóa đơn với trường hợp này.
Trường hợp thứ hai, người mua hoàn hàng sau khi đã nhận hàng từ shipper. Như vậy, trạng thái đơn hàng trên đã được các hãng vận chuyển hoặc sàn thương mại điện tử ghi nhận là "Thành công". Người bán cần tạo một phiếu trả hàng để ghi nhận việc hoàn trả hàng của người mua.
Khi đó, phần mềm xuất hóa đơn của nhiều đơn vị sẽ tạo ra một hóa đơn điều chỉnh giảm tương ứng với phiếu trả hàng. Trên hóa đơn điều chỉnh giảm này sẽ ghi rõ điều chỉnh hóa đơn gốc là hóa đơn nào, mặt hàng nào được trả lại, số lượng đơn giá như thế nào để shop được giảm trừ doanh thu cho đúng.
Ngoài ra, theo bà Dương, hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền không bắt buộc phải ghi thông tin người mua. Do đó, người bán trên sàn chỉ cần ghi thông tin khi người mua yêu cầu.
Các sàn thương mại điện tử thường ẩn thông tin người mua, nên nhà bán khó phân biệt và giải trình. Bởi vậy, để dễ quản lý hóa đơn xuất ra, bà Dương hướng dẫn người bán có thể cài đặt tên người mua trên hóa đơn theo dạng: Người mua trên sàn + ID đơn hàng (số hiệu đơn hàng) trên sàn để dễ giải trình với cơ quan quản lý thuế sau này.
Theo số liệu của Cục Thuế (Bộ Tài chính), 5 tháng đầu năm, các tổ chức, cá nhân kinh doanh trên các sàn online, nền tảng số đã nộp 74.400 tỷ đồng tiền thuế, tăng 55% so với cùng kỳ năm ngoái.
Phó cục trưởng Cục Thuế Đặng Ngọc Minh cho biết Nghị định 117 giúp bảo đảm các hộ, cá nhân kinh doanh trên nền tảng số thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế như các chủ thể kinh doanh khác. Các quy định cũng theo hướng tăng trách nhiệm của tổ chức trung gian, vận hành sàn trong phối hợp quản lý thuế, giảm thủ tục hành chính cho người nộp thuế. Qua đó, môi trường kinh doanh sẽ lành mạnh, công bằng, ngăn chặn các hành vi trốn thuế trong lĩnh vực thương mại điện tử.
Ông Minh đề nghị các Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực tăng tuyên truyền, hỗ trợ các tổ chức vận hành nền tảng, các hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện đúng nghĩa vụ thuế. Cùng với đó, ngành thuế sẽ tiếp tục thực hiện chuyển đổi số, ứng dụng công nghệ thông tin để xây dựng nền tài chính quốc gia hiện đại, minh bạch và bền vững.
Phương Dung